Die angrenzenden Länder sind der Sudan und Äthiopien im Norden, Somalia im Osten, Tansania im Süden und Uganda im Westen. Im Südosten grenzt das Land an den Indischen Ozean und im Westen an den Viktoriasee.

Zentral-Kenia wird vom Rift Valley, einem Teil des Ostafrikanischen Grabenbruchs, durchzogen. Die höchste Punkt befindet sich mit 5.199m im Mount-Kenya-Massiv, der tiefste Punkt liegt bei 0m an der 480km langen Köste des Indischen Ozeans. Die längsten Flüsse des Landes sind Tana, Athi und Kerio.